空間的遺伝子発現解析

• トランスクリプトーム（RNA）

• トランスクリプトーム（RNA）

• タンパク質

• HD WT

6.5mm x 6.5 mm
11 mm x 11 mm

• HD 3’

6.5mm x 6.5 mm

• 10.45 mm x 22.45 mm

• 最大5mm x 5mm程度を目安
  （指定面積合計上限：チャンバー小で50 ㎟、チャンバー中で75 ㎟）
  ※貼付可能エリアは17mm x 8mm または 17mm x 21.25mm

• 2µm x 2µm 正方形、ギャップ無し

• XY方向：30 nm未満
  Z方向 : 100 nm未満

• 約0.7µmの細胞解像度

• HD WT

全トランスクリプトームパネルのそれぞれの標的遺伝子に対するプローブのHybridizationを実施➡NGSにより組織中の発現遺伝子を検出

• HD 3’

3′ Poly(A)キャプチャにより、全トランスクリプトームカバレッジ

• 組織中のmRNAにプローブをIn Situ Hybridizationを実施
  ➡ハイブリしたpadrock probeをRCAで増幅
  ➡蛍光物質のついたプローブをXenium Analyzer で解析
  ➡ターゲット遺伝子の発現を検出する

• MICS technologyによる多重免疫蛍光染色
  ➡染色、イメージング、蛍光消去（専用抗体の切り離しや光退色）のサイクルを自動で繰り返すことで、同一切片上で数十〜数百のタンパク質を検出

• HD WT

プローブ（ヒト：18,000 遺伝子 / マウス：20,000 遺伝子）

• HD 3’

全トランスクリプトーム

• v1: プローブ 480遺伝子＋100カスタマイズ
• Prime 5K: 5000遺伝子＋100カスタマイズ

• Miltenyi社の提供する検証済抗体（ヒトFFPEおよび新鮮凍結：400以上、マウス新鮮凍結：200以上）から選択、または3rd party抗体

• HD WT

ヒトとマウス

• HD 3’

Poly(A) tailを持つ生物種

• ヒトとマウス
  （カスタムでほかの生物も可能）

• ヒトとマウスの組織
  （※3rd part抗体の場合は対象種を問わない）

• HD WT

FFPE (5µm) *
FF(10µm) *
FxF (10µm) *

• HD 3’

FF(10µm) *

• FF (10µm) *、
  FFPE (5µm) *

• FFPE (3µm)、
  固定凍結 (8µm)、
  新鮮凍結 (8µm)

• HD WT

DV200>30%
細胞当たりのRNA
量が0.75 pg 以上

• HD 3’

RIN値7以上

• DV200＞30％（推奨値）
  （30％以下はリスク高）
  viewRNA 等のISHによる事前検討（推奨事項）

• 代表的な抗体（β-Actin等）を用いた事前検証を実施し、切片の剥がれや自家蛍光、染色性を確認（あらかじめスライドを3枚以上準備）

• HD WT

2.75 億 ペアリード/解析領域（切片の解析領域カバー率が100％時）

• HD 3’

5.5億 ペアリード/解析領域(切片の解析領域カバー率が100%時)

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• 2スライド/1ラン

• 2スライド/1ラン

• 1スライド