空間的遺伝子発現解析
- 組織切片から遺伝子発現解析を実施
- 遺伝子発現にH&E染色画像を重ね合わせて解析
- Tissue Microarrayにも対応
空間的遺伝子発現解析では組織切片から、組織上の位置情報を保持したまま、遺伝子発現解析を行うことが可能です。これにより空間的に近接した細胞間の相互作用や組織中の微小環境を明らかにすることが出来ます。
技術によって解析できるサンプル（生物種、凍結/FFPEの別等に依存）や空間解像度、遺伝子発現の検出感度が異なります。
サービスの流れ
サービス比較
Visium 空間的遺伝子発現
Visium CytAssist 空間的遺伝子発現
Visium HD 空間的遺伝子発現
Xenium in situ
解析領域
- 6.5mm x 6.5 mm
- 6.5mm x 6.5 mm
11mm x 11 mm
- 6.5mm x 6.5 mm
- 10.45 mmx 22.45 mm
解像度
- 直径55 µm/1スポット
（スポット同士の中央点は100 µmの間隔）
- 直径55 µm/1スポット
（スポットの中央点は100 µmの間隔）
- 2um x 2um 正方形、ギャップ無し
- XY方向：30 nm未満
Z方向 : 100 nm未満
（転写物の局在精度）
検出方法
- 組織中のmRNAをpolyA鎖を介して捕捉
➡NGSにより全トランスクリプトームを検出
- 全トランスクリプトームパネルのそれぞれの標的遺伝子に対するプローブのHybridizationを実施
➡NGSにより組織中のトランスクリプトームやタンパク質を検出
- 全トランスクリプトームパネルのそれぞれの標的遺伝子に対するプローブのHybridizationを実施
➡NGSによりFFPE組織中の発現遺伝子を検出
- 組織中のmRNAにプローブをIn Situ Hybridizationを実施
➡ハイブリしたpadrock probeをRCAで増幅
➡蛍光物質のついたプローブをXenium Analyzer で解析
➡ターゲット遺伝子の発現を検出する
ターゲット遺伝子数
- 全mRNA
- プローブ
（ヒト：18,000 遺伝子)
（マウス：20,000 遺伝子）
- プローブ
（ヒト：18,000 遺伝子）
（マウス：20,000 遺伝子）
- プローブ
480遺伝子＋100カスタマイズ
（2024年下旬に5000遺伝子パネル）
対応生物種
- 全生物種（動物以外は要事前検討）
- ヒトとマウス
- ヒトとマウス
- ヒトとマウス
（カスタムでほかの生物も可能）
対応サンプル（切片の厚さ）
- FF(10um) *
- FF (10um) *,
FFPE (5um) *,
Fixed Frozen (10um) *
- FFPE (5um) *
- FF (10um) *,
FFPE (5um) *
予備実験及びサンプルＱＣ
- RIN値>7,
TO
- RIN値>4 (FF),
DV200>30% (FFPE),
DV200>50% (FxF)
- DV200>30%
- DV200＞30％（推奨値）
（30％以下はリスク高）
viewRNA 等のIHCによる事前検討（推奨事項）
シーケンス
- 50,000リード以上/スポット当たり
- 2.5万ペアリード以上/スポット当たり
- 2.75 億 ペアリード
（切片の解析領域カバー率が100％時）
- –
スライド/ラン
- ４解析領域/スライド
- 2スライド/1ラン
- 2スライド/1ラン
- 2スライド/1ラン
*
FF: Fresh Frozon（新鮮凍結）
FFPE: Formalin Fixed Paraffin Embedded（ホルマリン固定パラフィン包埋）
FxF: Fixed Frozen（固定凍結）