- 組織内の細胞の位置情報を保ったまま、RNA発現解析
- HE染色画像と、遺伝子発現マップを比較検討
Visium CytAssist空間的遺伝子発現解析では組織切片から、細胞の位置情報を保持したまま、遺伝子発現解析を行うことが可能です。
6.5 mm x 6.5 mmの区画内に載せた組織から、4,992スポットの細胞を解析できます。
11 mm x 11 mmの区画内に載せた組織から、14,336スポットの細胞を解析できます。
1スポットで平均1～10個の細胞を捕捉し、1スポットに1種類のバーコードを付与して位置情報を保ったままmRNA解析が可能です。1スポット当たり直径55 µmの解像度で、スポットの中央点は100 µmの間隔で位置しています。
解析可能なサンプル
| アプリケーション | Visium CytAssist |
|---|---|
| サンプル | FF, FFPE, FxF * |
| 動物種 | ヒトまたはマウス |
| 解析メカニズム | 全トランスクリプトームパネル（各標的遺伝子に対するプローブ）を使用して組織中の発現遺伝子を検出します。 |
| サンプル受け入れ条件 | 詳細情報ページにまとめております。 |
*
FF: Fresh Frozon（新鮮凍結）
FFPE: Formalin Fixed Paraffin Embedded（ホルマリン固定パラフィン包埋）
FxF：Fixed Frozen（固定凍結）
解析例
ライブラリ調製前に組織をH&E染色し、染色画像と遺伝子発現解析マップを重ね合わせることで、細胞の特徴と実際の遺伝子発現を比較できます。
納品物
委託範囲により下記のようになります。
当社がシーケンスを行う場合
- Fastqデータ
- Space Ranger解析結果
- Web Summary
- cloupeファイル
- Matrixファイル
- csvなど
- 画像データ
- H&E染色画像ファイル
- CytAssistイメージ
- 情報シート
（解析方法や使用試薬などをまとめたもの） - 実験情報まとめ
（ライブラリの測定結果）
お客様がシーケンスをされる場合
- ライブラリー
- 情報シート
- 実験情報まとめ
- 画像データ
- H&E染色画像ファイル
- CytAssistイメージ
料金・納期
| 受託内容 | サンプル | 金額（税別） | おおよその納期 |
|---|---|---|---|
| Visium CytAssist 6.5mm/11mm （マウス/ヒト） | FF・FFPE・FxF切片 | お問い合わせ | 6週間 |
ご依頼前のチェック項目
サンプル受け入れ条件、事前ご確認事項を「詳細情報」ページにまとめておりますので、ご確認ください。
よくあるご質問
Visium CytAssistで解析できるサンプルは何ですか。
以下の10x社ホームページに記載がある組織で、Visium CytAssistの再現性が確認されています。こちらに載っていない組織でもご委託は可能ですが、結果の保証ができない点について、ご了承いただく必要がございます。
- Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE Tested Tissues（10x Genomics サイトへ飛びます）
- Visium CytAssist Spatial Gene Expression for Fresh Frozen Tested Tissue List（10x Genomics サイトへ飛びます）
- Visium CytAssist Spatial Gene Expression for Fixed Frozen Tested Tissue List（10x Genomics サイトへ飛びます）
Visiumの解像度はどれくらいですか。
スポット直径55 µmで、スポットの中央点は100 µmの間隔で位置しています。 組織種によりますが、1スポット当たり10細胞程度含まれます。
Visiumに使用する凍結ブロックを作成するには、組織にどのような処理が必要ですか。
組織を出来るだけ傷つけないよう、液体窒素上でイソペンタンに浸け急速凍結させ、OCTで包埋してください。詳細なプロトコルはこちらをご確認ください。
なおご委託の際には、以下のご確認をお願いしております。
- OCT包埋後に10 µmの切片10枚を使用し、RNA抽出でRIN値をご確認いただき、4以上あることを確認（規定プロトコルあり）
- HE染色画像を撮影し、組織像に崩れがないか確認
納品物は何でしょうか。
お客様がシーケンスをされる場合、ライブラリを作製しお送りします。当社がシーケンスをする場合、シーケンス結果のFastqファイルとSpace Ranger（解析ソフトウェア）での解析結果のデータをお送りします。
自分でシーケンスする場合、シーケンスの条件はどのようにしたらいいでしょうか。
10x Genomics社のVisium CytAssistアプリケーションでは、以下の条件でのシーケンスが推奨されています。
リード数：25,000リード以上/スポット
Read 1：28 cycle
i7 Index：10 cycle
i5 Index：10 cycle
Read 2： 50 cycle
データはどのように保管されますか。
解析データやお客様のサンプル情報等は納品後、3ヵ月まで当社内で保管しています。3ヵ月を経過すると廃棄しますので、予めご了承ください。