- 希少なTCR / BCR 発現を検出
- 細胞ごとのTCR / BCRが同定可能
- BCR（Ig）のH鎖 / L鎖または、TCRのα鎖 / β鎖 配列のペア解析が可能。TCR / BCR解析と併せてSingle Cell 5’RNA-seqも実施可能
シングルセル免疫プロファイリングでは個々のT細胞 / B細胞のmRNAにそれぞれ異なるバーコードを付けることで、1細胞単位のTCR / BCR 発現を調べることができます（TCR/BCRはヒトまたはマウスが対象です）。
標準的なレパトア解析ではサンプル中のTCR / BCR発現を包括的に解析しますが、シングルセル免疫プロファイリングでは、細胞ごとにヘテロ2量体であるTCR / BCRレパトアを解析することができます。
なお、シングルセル免疫プロファイリングに加え、シングルセル遺伝子発現解析（Single Cell 5’RNA-Seq）も実施可能です。
- 10x Barcode: 各細胞の転写物に付加されるユニークなタグで、1細胞ごとに識別。
- UMI: Unique Molecular Identifierの略。各転写物にユニークなタグで、各遺伝子の発現量を正確に定量する。
- Poly(dT): mRNAの3’末端のpolyA鎖を捕捉する配列。
- TSO: Template Switch Oligo の略。逆転写酵素が持つ3’末端に連続したCを付加するTerminal nucleotidyl transferase 活性の特性を利用する為に設計されたDNAオリゴ
解析可能なサンプル
| サンプル | 凍結細胞 （凍結していない生細胞についても出張にて対応が可能です） |
|---|---|
| 動物種 | ヒトまたはマウス (TCR/BCR) 全生物種(TCR/BCR以外) |
| 解析メカニズム | Template Switch Oligoを用いた逆転写で5’末端側からキャプチャーしライブラリを作製します。 |
| サンプル受け入れ条件 | 詳細情報ページにまとめております。 |
解析例
Cellrangerによる解析結果をLoupe Browser 8.0で開いたところ。
- Loupe Browser（無償）のダウンロードはこちら（10x Genomics サイトへ飛びます）
- 10x Genomics が提供しているデータセット（10x Genomics サイトへ飛びます）
- 二次解析については、バイオインフォマティクス情報解析のページをご確認ください
研究事例
近年シングルセル免疫プロファイリングを使用してシングルセル解析独自の視点から様々な論文が発表されています。以下はその一例です。
納品物
委託範囲により下記のようになります。
当社がシーケンスを行う場合
- Fastqデータ
- Cell Ranger解析結果
- Web Summary
- cloupeファイル
- Matrixファイル
- csvなど
- 情報シート
（解析方法や使用試薬などをまとめたもの） - 実験情報まとめ
（細胞数や生存率cDNAやライブラリの測定結果）
お客様がシーケンスをされる場合
- ライブラリー
- 情報シート
- 実験情報まとめ
料金・納期
細胞種や解析内容によっては、上下することもございます。
| 受託内容 | 金額（税別） | おおよその納期 |
|---|---|---|
| Chromium GEM-X Single Cell 5’RNA+BCR-seq （実験+シーケンス+解析） | ￥1,113,000 | 6週間 |
| Chromium GEM-X Single Cell 5’RNA+TCR-seq （実験+シーケンス+解析） | ￥1,113,000 | 6週間 |
| オプション | 金額（税別） |
|---|---|
| 出張による新鮮細胞からの実験対応オプション 細胞数が少ない場合や凍結すると生存率が低くなる場合、機器を貴研究室に持ち込み、新鮮細胞からシングルセル化を行います。 | お問い合わせください （要交通費実費） |
| サンプル混合オプション（hasgtag抗体） 複数サンプルを混ぜて解析することが可能です。1サンプルあたりの細胞数は減りますが解析コストを抑えることが可能です。 | お問い合わせください |
| CITE-seqオプション（表面タンパク質検出） シングルセルレベルで細胞表面タンパク質の検出を行うことができます。 | お問い合わせください |
| 死細胞除去オプション 生存率が低いサンプルに対し、FACSによる死細胞除去を実施します。 | ￥50,000 |
オプションに関する詳細を、詳細情報ページにまとめております。
ご依頼前のチェック項目
サンプル受け入れ条件、事前ご確認事項を「詳細情報」ページにまとめておりますので、ご確認ください。
よくあるご質問
シングルセルでレパトア解析をする意味は何でしょうか。
シングルセルシーケンスにより、TCRのα鎖 / β鎖あるいはBCRのH鎖 / L鎖のペアを検出することができます。シングルセルレパトア解析では、細胞ごとに異なるバーコード配列をmRNAに付加して解析を行います。TCR又はBCRに関連するmRNAも細胞ごとに分けられるため、各細胞がどのペアのTCR / BCR配列を持っているかがわかります。
どのくらいの細胞数・遺伝子数を検出することができますか。
最新の10x Genomics社のアプリケーションでは、最大で20,000 細胞、約3,000 遺伝子(PBMC: 中央値)を検出することが可能です。TCR又はBCRのペア鎖の検出率は通常70%以上です。ただし細胞の種類や状態、シーケンス条件により変動します。
TCR / BCRは全領域を検出できますか。
可変部の全領域を検出することができます。BCRはisotype情報も検出可能です。10x Genomics社のアプリケーションでは、Short readからLong readを生成するアルゴリズムが備わっており、シーケンスのリードよりも長い配列を生成することが可能です。
どのような検体を提出すればよいですか。
凍結した細胞を、ドライアイスを入れた状態でお送りください。1サンプル当たり、100万細胞、生存率80%以上が条件です。この条件以外のサンプルを希望される場合は、お問い合わせからご相談ください。
納品物は何でしょうか。
お客様がシーケンスをされる場合、ライブラリーを作製しお送りします。当社でシーケンスをする場合、シーケンス結果のFastqファイルとCell Ranger（解析ソフトウェア）での解析結果のデータをお送りします。
FACSやCITE-seqなどのオプション実験を追加することはできますか。
可能です。当社ではFACSをはじめ、最新の機器を揃えています。ご希望の実験をお問い合わせからご相談ください。
自分でシーケンスする場合、シーケンスの条件はどのようにしたらいいでしょうか。
10x Genomics社のSingle Cell VDJ-seqアプリケーションでは、以下の条件でのシーケンスが推奨されています。
＜TCR/BCRのみ＞
リード数：5,000リード以上/細胞
Read 1：28 cycles
i7 Index：10 cycles
i5 Index：10 cycles
Read 2：90 cycles
＜TCR/BCR + Single Cell 5’ RNA-seq＞
リード数（TCR/BCR）：5,000リード以上/細胞
リード数（Single Cell 5’ RNA-seq）: 20,000リード以上/細胞
Read 1：28 cycles
i7 Index：10 cycles
i5 Index：10 cycles
Read 2：90 cycles
データ保管について
解析データやお客様のサンプル情報等は納品後、3ヵ月まで当社内で保管しています。3ヵ月を経過すると廃棄しますので、予めご了承ください。