Visium 空間的遺伝子発現

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組織内の細胞の位置情報を保ったまま、RNA発現解析
H&E染色画像と、遺伝子発現マップを比較検討

Visium 空間的遺伝子発現解析では組織切片から、細胞の位置情報を保持したまま、遺伝子発現解析を行うことが可能です。

6.5 mm x 6.5 mmの区画内に載せた組織から、4,992スポットの細胞を解析できます。1スポットで平均1〜10個の細胞を捕捉し、1スポットに1種類のバーコードを付与して位置情報を保ったままmRNA解析が可能です。 1スポットは直径55 µmで、スポットの中央点は100 µmの間隔で位置しています。

解析可能なサンプル

サンプル	新鮮凍結OCT包埋サンプル
動物種	全生物種（検証済み組織リストはこちら）
解析メカニズム	組織中のmRNAをpolyA鎖を介して捕捉し発現遺伝子を検出します。
サンプル受け入れ条件	詳細情報ページにまとめております。

解析例

ライブラリ調製前に組織をH&E染色し、染色画像と遺伝子発現解析マップを重ね合わせることで、細胞の特徴と実際の遺伝子発現を比較できます。

SpaceRanger解析結果のデモ画面はこちら

納品物

委託範囲により下記のようになります。

当社がシーケンスを行う場合

Fastqデータ
Space Ranger解析結果
- Web Summary
- cloupeファイル
- Matrixファイル
- csvなど
画像データ
- H&E染色画像ファイル
情報シート
（解析方法や使用試薬などをまとめたもの）
実験情報まとめ
（ライブラリの測定結果）

お客様がシーケンスをされる場合

ライブラリー
情報シート
実験情報まとめ
画像データ
- H&E染色画像ファイル

料金・納期

受託内容	サンプル	金額（税別）	おおよその納期
Visium TO	新鮮凍結切片	¥ 260,000 （1スライド当たり）	3週間
Visium GEX	新鮮凍結切片	¥ 2,680,000 （4サンプル当たり）	6週間

ご依頼前のチェック項目

サンプル受け入れ条件、事前ご確認事項を「詳細情報」ページにまとめておりますので、ご確認ください。

よくあるご質問

Visiumで解析できるサンプルは何ですか。

以下の10x社ホームページに記載がある組織で、Visiumの再現性が確認されています。こちらに載っていない組織でもご委託は可能ですが、結果の保証ができない点について、ご了承いただく必要がございます。

Visium Spatial Gene Expression Optimized Tissues（10x Genomics社ホームページへ飛びます）

凍結組織で再現性が確認されている組織

ヒト
- 健常人検体：小脳、大脳皮質、側頭葉、脊髄、リンパ節、肺、乳房、心臓、腎臓
- 非健常人検体：脳（多形性膠芽細胞腫）、リンパ節（リンパ節炎）、肺（乳頭癌）、乳房（浸潤性乳管癌、浸潤性小葉癌）、心臓（心筋梗塞）、脾臓（膵臓炎）、大腸（大腸がん）、卵巣（腫瘍）、腎臓（腎炎）
マウス
- 健常検体：脳（胎生期E15/E18、出生後P1/P8）、目、嗅球、舌、肺、心臓、胃、肝臓、脾臓、小腸、大腸、大腿四頭筋、腎臓、卵巣、精巣
ラット
- 健常検体：脳、嗅球、心臓、腎臓
ゼブラフィッシュ
- 健常検体：稚魚（10 dpf）

膵臓や骨組織、脂肪を多く含む組織については10x社で再現性が取れていない組織となっております。