Visium HD 空間的遺伝子発現の詳細情報
サンプル受け入れ条件
- HE染色・イメージングし、崩れがないことを確認している
- スライドの貼り付け位置に切片が貼り付けられていること。
- 切片の貼り付け位置は使用されるスライドによって異なります。詳しくはハンドブックをご確認ください。
- （6.5mm x 6.5mmの場合）キャプチャーエリアより大きな切片の場合、中心位置を指定したスライドを提出すること。
- FFPEの場合は薄切片を5 μm厚で切り出していること（５μmを推奨、3~10 μmでも適合）
（今後、新鮮凍結にも対応予定） - 以下のいずれかのガラススライドに切片を貼り付けていること
注）以下のスライドは10X genomics社で確認済みです。確認済みではないスライドガラスを使用した場合、切片が剥がれてしまう場合が有ります。- Epredia Shandon ColorFrost Plus
- Fisher SuperFrost/ColorFrost
- Sigma-Aldrich Poly Prep Slides
- VWR SuperFrost Plus
- Matsunami Platinum Pro
- サンプル中のRNAの品質が高いこと
- （弊社へ委託可能）FFPEから薄片を切り出しRNA抽出を行い、FFPEはDV200が30%以上であることを確認していること
- 外部リンク：Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE – Tissue Preparation Guide
事前提出いただくデータ
ご委託時に以下のデータを確認させていただきます。
いずれも弊社に委託可能です
- HE染色画像：ダメージの少ない組織切片であることを確認します。
- 組織のDV200値：30%以上あることを確認します。
参考画像
サンプル送付の注意事項
サンプル送付の際には以下の点を確認の上お送りください
- 送付時期について事前に弊社へお知らせください。
- サンプルを搭載したスライドガラスは50mL遠沈管等の密閉容器に入れて送付してください。
- 遠沈管には乾燥剤（シリカゲル）をサンプルに直接当たらないように入れてください。
- 発泡スチロール容器に保冷剤と同梱のうえクール便にてお送りください。
剥がれやすいサンプルについて
皮膚や脂肪組織のような剥がれやすいサンプルについては事前にご相談ください。
Matsunami Platinum Proよりも接着性の高いMatsunami CRESTや、共有結合の形成により剥離を防ぐhydrogel coated slideの使用について事前検討を行うことも可能です。
サンプル調製のフロー
10x Genomic社のVisium Spatial Kitを使用し以下のフローでサンプルを調製します。
