Visium CytAssist 空間的遺伝子発現の詳細情報
サンプル受け入れ条件
- HE染色・イメージングし、崩れがないことを確認している
- スライドの貼り付け位置に切片が貼り付けられていること。
（6.5mm x 6.5mmの場合）キャプチャーエリアより大きな切片の場合、中心位置を指定したスライドを提出すること。 - FFPEの場合は薄切片を5 µm以下で切り出せること
FFとFxFの場合は薄切片を10 µm以下で切り出せること - 以下のいずれかのガラススライドに切片を貼り付けていること
注）国内に流通しているスライドの中には対応できないサイズのものがありますので、必ずご確認ください- Epredia Shandon ColorFrost Plus
- Fisher SuperFrost/ColorFrost
- Sigma-Aldrich Poly Prep Slides
- VWR SuperFrost Plus
- サンプル中のRNAの品質が高いこと
（弊社へ委託可能）FFPEから薄片を切り出しRNA抽出を行い、FFPEはDV200値が30%以上、FxFはDV200値が50%以上、FFはRIN値4以上であることを確認していること - 外部リンク
事前提出いただくデータ
ご委託時に以下のデータを確認させていただきます。
いずれも弊社に委託可能です
- HE染色画像：ダメージの少ない組織切片であることを確認します。
- 新鮮凍結サンプルの場合：組織のRIN値：4以上あることを確認します。
- FFPEサンプルの場合：組織のDV200値：30%以上あることを確認します。
- FxFサンプルの場合：組織のDV200値：50%以上あることを確認します。
参考画像
サンプル送付の注意事項
サンプル送付の際には以下の点を確認の上お送りください
- 送付時期について事前に弊社へお知らせください（実験スケジュールを調整し、切片作成からできるだけ速やかに実験を実施します）。
- サンプルを搭載したスライドガラスは50mL遠沈管等の密閉容器に入れて送付してください。
- 遠沈管には乾燥剤（シリカゲル）をサンプルに直接当たらないように入れてください。
- （FFPEの場合）発泡スチロール容器に保冷剤と同梱のうえクール便にてお送りください。
- （新鮮凍結・FxFの場合）発泡スチロール容器にドライアイスと同梱のうえ冷凍便にてお送りください。
剥がれやすいサンプルについて
皮膚や脂肪組織のような剥がれやすいサンプルについては事前にご相談ください。
共有結合の形成により剥離を防ぐhydrogel coated slideの使用について事前検討を行うことも可能です。
サンプル調製のフロー
10x Genomic社のVisium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPEを使用し以下のフローでサンプルを調製します。
