- 組織内の細胞の位置情報を保ったまま、RNA発現解析
- HE染色画像と、遺伝子発現マップを比較検討
Visium HD 空間的遺伝子発現解析では組織切片から、細胞の位置情報を保持したまま、遺伝子発現解析を行うことが可能です。
Visium HD 空間的遺伝子発現スライドには、6.5 x 6.5 mmの解析領域（キャプチャーエリア）が2つ搭載されています。各キャプチャーエリアには、数百万もの2 x 2 µmの正方形が並んでおり、それぞれユニークなバーコード付きのオリゴヌクレオチドが連続的に配置されています。これによりシングルセルスケールの空間分解能が実現します。
解析可能なサンプル
| アプリケーション | Visium HD |
|---|---|
| サンプル | FFPE /新鮮凍結切片 /固定凍結切片 |
| 動物種 | ヒトまたはマウス |
| 解析メカニズム | 全トランスクリプトームパネルのそれぞれの標的遺伝子に対するプローブを使用して組織中の発現遺伝子を検出します。 |
| サンプル受け入れ条件 | 詳細情報ページにまとめております。 |
解析例
SpaceRangerによる解析結果をLoupe Browser 8.0で開いたところ。
ライブラリ調製前に組織をH&E染色し、染色画像と遺伝子発現解析マップを重ね合わせることで、細胞の特徴と実際の遺伝子発現を比較できます。
- Loupe Browser（無償）のダウンロードはこちら（10x Genomics サイトへ飛びます）
- 10x Genomics が提供している解析例（10x Genomics サイトへ飛びます）
- 二次解析については、バイオインフォマティクス情報解析のページをご確認ください
納品物
委託範囲により下記のようになります。
当社がシーケンスを行う場合
- Fastqデータ
- Space Ranger解析結果
- Web Summary
- cloupeファイル
- Matrixファイル
- csvなど
- 画像データ
- H&E染色画像ファイル
- CytAssistイメージ
- 情報シート
（解析方法や使用試薬などをまとめたもの） - 実験情報まとめ
（ライブラリの測定結果）
お客様がシーケンスをされる場合
- ライブラリー
- 情報シート
- 実験情報まとめ
- 画像データ
- H&E染色画像ファイル
- CytAssistイメージ
料金・納期
| 受託内容 | サンプル | 金額（税別） | おおよその納期 |
|---|---|---|---|
| Visium HD 2解析領域 （マウス/ヒト） | FFPE切片 | 2,550,000円 | 6週間 |
| Visium HD 1解析領域 （マウス/ヒト） ※相乗りプラン | FFPE切片 | 1,750,000円 | 要相談 |
Visium HD は2解析領域で1試験の実施が可能です。
相乗り依頼の状況により試験サンプルが揃わず納期が長くなる場合があります。
ご依頼前のチェック項目
サンプル受け入れ条件、事前ご確認事項を「詳細情報」ページにまとめておりますので、ご確認ください。
よくあるご質問
Visium HDで解析できるサンプルは何ですか。
以下の10x社ホームページに記載がある組織で、VisiumHDの再現性が確認されています。こちらに載っていない組織でもご委託は可能ですが、結果の保証ができない点について、ご了承いただく必要がございます。
- Visium HD Spatial Gene Expression Tested Tissues（10x Genomics サイトへ飛びます）
FFPEの場合、ヒトとマウスの組織で解析が可能です。
全トランスクリプトームパネルに含まれる遺伝子リストはありますか？
以下の10x社ホームページからそれぞれのCSVファイルを取得してご確認いただけます。
- Visium Human Transcriptome Probe Set v2.0（10x Genomics サイトへ飛びます）
- Visium Mouse Transcriptome Probe Set v2.0（10x Genomics サイトへ飛びます）
ヒトやマウスの近縁種であるサルやラットでの解析は可能ですか？
検出出来ないプローブやターゲットと異なる遺伝子にハイブリしてしまう可能性のあるプローブがありますが、多くの遺伝子については解析が可能です。詳細はお問い合わせください。
Visium HDの解像度はどれくらいですか。
Visium HD のキャプチャーエリアには、数百万もの2 x 2 µmの正方形が並んでおり、それぞれユニークなバーコード付きのオリゴヌクレオチドが連続的に配置されています。
納品物は何でしょうか。
お客様がシーケンスをされる場合、ライブラリを作製しお送りします。当社がシーケンスをする場合、シーケンス結果のFastqファイルとSpace Ranger（解析ソフトウェア）での解析結果のデータをお送りします。
自分でシーケンスする場合、シーケンスの条件はどのようにしたらいいでしょうか。
10x Genomics社のVisium HDアプリケーションでは、以下の条件でのシーケンスが推奨されています。
リード数：2.75億ペアリード/サンプル（切片の解析領域カバー率が100％時）
Read 1：43 cycle
i7 Index：10 cycle
i5 Index：10 cycle
Read 2： 50 cycle
データはどのように保管されますか。
解析データやお客様のサンプル情報等は納品後、3ヵ月まで当社内で保管しています。3ヵ月を経過すると廃棄しますので、予めご了承ください。